Iden med projektet föddes när studenter från Malmö kom till Kaliningrad i ett utbyte som Lärarhögskolan i Malmö anordnar. På denna resa fick studenterna se en hel del otäcka saker och hur fattigt många människor lever i den regionen. Regionen ligger trots allt bara ca 40 mil från Sverige. Under denna resa besökte studenterna ett barnhem i staden Bagrationovsk.
Studenterna kom till barnhemmet utan att i förväg ha berättat för ledningen om ankomsten, detta för att eliminera risken att få se en uppgjord bild av hur barnen har det.
Ett år efter studenternas besök, i november 2001 registrerades Projekt Bagrationovsk som en ideell förening. Ursprungsmålet med organisationen var att förbättra barnens levnadsvillkor genom att dels renovera det hus barnen lever i, samt att öka allmänbildningen genom olika insatser inom utbildning. Genom faddergiro samlas pengar in till förmån för ungdomarna organisationen hjälper, pengarna går oavkortat till barnen. Projekt Bagrationovsk har även beslutat att organisationen inte längre i samma utsträckning skickar ner saker till barnhemmet, istället används lokala resurser i arbetet.